На море Королевские ВМС храбро отражали воздушные атаки и пытались перехватить или отогнать немецкий морской десант. Но растущие потери, особенно из-за атак люфтваффе, в конце концов вынудили флот 24 мая отступить от северного побережья Крита, тем самым позволив немцам обеспечить морскую связь с островом.
25 мая солдаты 5-й горнострелковой дивизии смогли прорвать оборону Малиме и продвинуться дальше через Галатас к городу Кания, расположенному недалеко от основного военно-морского порта в заливе Суда. К тому времени на Крите было уже почти 20 ООО хорошо вооруженных, первоклассных немецких солдат, которых поддерживала мощь авиации. Более того, каждый день прибывало большое количество свежих частей. Фрейберг посчитал, что остров потерян, и 26 мая рекомендовал приступить к эвакуации войск, которая и началась на следующий день. Войска в городе Гераклион на востоке были эвакуированы без осложнений, но основным силам на западе пришлось пересекать горы, чтобы добраться до южного порта Сфакия, при этом немцы преследовали их на земле и с воздуха.
